Đại Hội La Vang lần thứ 25, kỷ niệm 200 năm Đức Mẹ hiện ra tại Lavang chính thức bắt đầu vào lúc 3 giờ 30 chiều ngày thứ Năm (13.8.1999) với việc đón tiếp Đức Tổng Giám Mục Huế và các Đức Giám Mục đến khai mạc Tuần Tam Nhật Đại Lễ.
Các Đức Giám Mục xuống xe và tiến vào Công Trường Mân Côi, dẫn đầu là Đức Tổng Giám Mục Stephanô Nguyễn như Thể. Trong đoàn Giám Mục có các vị: Hai Đức Giám Mục chánh và phó Giáo Phận Phát Diệm, Đức Giám Mục Giáo Phận Phan Thiết Nicola Huỳnh văn Nghi, Hai Đức Giám Mục Chánh và Phó Giáo Phận Nha Trang, Đức Giám Mục Giáo Phận Bắc Ninh, Đức Giám Mục Giáo Phận Kontum, Đức Giám Mục Giáo Phận Thái Bình. Các Ngài được mời hôn đất Thánh Địa, chấm Nước Thánh làm Dấu Thánh Giá và đoàn rước tiến vào Công Trường, lên Lễ Đài giữa hai hàng rào danh dự gồm các em Thiếu Nhi, các cô thiếu nữ cầm hoa và các chú lính khố đỏ, đội nón, chân quấn xà cạp, tay cầm lọng che.
Tại Lễ Đài, Đức Giám Mục Phó Ban mê Thuật công bố Sứ Điệp của Đức Thánh Cha Gioan Phaolô nhân dịp kỷ niệm 200 năm Đức Mẹ hiện ra tại Lavang. Tiếp theo Đức Tổng Giám Mục Nguyễn Như Thể công bố khai mạc Tuần Tam Nhật Đại Lễ kỷ niệm 200 năm Đức mẹ hiện ra tại đây trong tiếng vỗ tay của khoảng 100.000 người tham dự, trong tiếng chuông đổ hồi rền vang, trong tiếng hát của Ca Đoàn Nhà Thờ Chính Toàn Phủ Cam (Huế) hợp xướng bài “Như Sóng Lộc Triều Nguyên”, lời thơ của Thi sĩ Hàm Mạc Tử và Nhạc của Hải Linh. Giây phút gây cản động tiếp theo là lúc 25 Huy Hiệu, 25 cờ Ngũ sắc biểu trưng cho 25 Giáo phận trên toàn lãnh thổ Viêt Nam, một mặt thêu hình nhà thờ Chính tòa và tên mỗi Giáo Phận, mặt kia thêu hàng chữ 200 năm Đức Mẹ Lavang. Sau đó là điệu vũ của 200 em nhỏ trên nền nhạc một ca khúc Về Bên Mẹ Lavang.
Ngày khai mạc của tuần Tam Nhật được kết thúc bằng Thánh lễ Đại trào do Đức Giám Mục Nguyễn văn Hòa, Giám Mục Giáo Phận Nha Trang và là Đệ Nhị Phó Chủ Tịch Hội Đồng Giám Mục Việt Nam chủ tế, cùng Đồng Tế có các Đức Giám Mục và khoảng trên 350 Linh Mục. Đức Giám Mục Nguyễn Văn Nhơn, Giám Mục Giáo Phận Đà Lạt giảng thuyết. Giáo dân đứng kín bốn phía lễ đài trang nghiêm dự lễ.
Sau Thánh lễ là cuộc cung nghinh Thánh Thể do Đức Cha Huỳnh văn Nghi, Giám Mục Giáo Phận Phan Thiết chủ sự. Ngài đứng trên xe hoa hai tầng, cầm hào quang có Mình Thánh Chúa ngự. Đoàn kiệu tiến trên lộ trình từ Tháp Cổ ra đường nhựa trước nhà Trung Tâm rồi tiến vào Công Trường Mân Côi, Ngài tiến lên Lễ Đài đặt Mình Thánh Chúa. Cuộc tôn kính Thánh Thể bắt đầu bằngviệc Chủ Tế dâng hương, tiếp theo là tiến vũ hoa đăng trước Thánh Thể Chúa. Khắp Công Trường sáng rực ánh đèn cầy lung linh sốt mến. Đức Giám Mục Nguyễn văn Nhơn quảng diễn phút suy niệm Thánh thể trước khi hát chầu Thánh thể và Phép Lành Thánh Thể kết thúc.
Ngày Thứ Hai của tuần Tam Nhật Đại Hội tức ngày 14.8.1999, chuông nhật một đổ hồi từ lúc 5 giờ sáng đánh thức khách hành hương đi tham gia giờ lần hạt chung tại Linh Đài sau một đêm chập chờn giấc ngủ giữa bầu trời đầy sao.
8 giờ sáng là Thánh lễ do Đức Tổng Giám Mục Giáo Phận Sàigòn Phạm Minh Mẫn chủ tế với trên 10 Giám Mục và 200 Linh Mục Đồng tế. Trong bài giảng, ngài nhắc lại những thương đau của các cuộc tàn sát người Công Giáo thời xưa đã phải chịu trải qua bao thế hệ. Ngài cũng nêu lên những thách đố mà người trẻ Công Giáo ngày nay phải đương đầu giữa cuộc sống. Ngài nhắn nhủ họ phải bám vào Đức mẹ để có thể sống một cuộc sống thánh thiện hơn.
Cũng vào lúc 8 giờ, tại Linh Đài, một buổi sám hối Cộng Đoàn dành cho người lớn. Kết húc buổi sám hối bằng một điệu vũ dâng hoa kính Đức Mẹ trước khi sang phần Lần Hạt Mân Côi và đọc kinh Truyền Tin ban trưa.
Lúc 1 giờ chiều, loa phóng thanh kêu gọi các bạn trẻ tham dự giờ sám hối dành cho giới trẻ. Giữa ánh nắng nồng nực ấy, cả chục ngàn các bạn trẻ đội mũ, nón, ô, dù vui vẻ ra sắp hàng trước Công Trường Mân Côi, hành hương tượng trưng về Lễ Đài vây quanh vị Linh Mục trẻ giúp họ suy niệm Lời Chúa. Nguyên cử chỉ ngồi giữa nắng Quảng Trị cũng đã là một hành động sám hối rồi và chắc chắn được Chúa thương nhiều.
Sau giờ sám hối thì trời bắt đầu vân vũ, mây đen kéo đến phủ kín bầu trời. Ban Tổ chức vẫn mời gọi mọi người tiến ra Công Trường tập họp chào đón Đức Hồng Y Phạm Đình Tụng, Tổng Giám Mục Giáo Phận Hà Nội, kiêm Chủ Tịch Hội Đồng Giám MụcViệt Nam, ngài đến với tư cách là Đại Sứ của Đức Thánh Cha Gioan Phaolô Đệ II.
Vào lúc 3 giờ 30 chiều, mây tan dần và đến 4 giờ toàn dân vui mừng đón Đức Hồng Y và các Giám Mục cách trọng thể dưới ánh nắng dịu hiền êm đẹp.. Đức Hồng Y quì xuống hôn đất thánh và tiến bước giữa hai hàng lọng uy nghi, trong tiếng nhạc và kèn trống tưng bừng. Khi vị Đại Sứ đã an vị trên lễ đài, Linh Mục Tổng đại diện Tổng Giáo Phận Huế đọc văn thư của Đức Thánh Cha ủy nhiệm Đức Hồng Y làm Đặc sứ của ngài tại Đại Hội Đức Mẹ Lavang 1998. Sau lời chào mừng của Đức Tổng Giám Mục Huế, Đức Hồng Y nhận huy hiệu Đại Lễ 200 năm Đức Mẹ La Vang do Đức Tổng Giám Mục Huế trao tặng. Trong bài diễn từ, Đức Hồng Y nói: “Đây là một vinh dự đặc biệt Đức Giáo Hoàng đã ban cho tôi, nhưng tôi nghĩ vinh dự này không phải chỉ vì tôi, mà vì sự kính trọng của ngài đối với dân tộc Việt Nam, một dân tộc mà ngài nói thật dễ mến yêu”. Sau bài huấn từ Đức Hồng Y tiến về Linh Đài dâng hương kính Đức Mẹ. Trong dịp này, Đức Tổng Giám MụcTephanô Nguyễn như Thể cũng đã giới thiệu pho tượng Đức Mẹ theo kiểu mẫu Việt Nam cao 2 mét, đã được Hội Đồng Giám Mục Việt Nam chính thức công nhận để thay thế cho tượng cũ, và một chén thánh đặc biệt do Đức Thánh Cha từ Roma gửi tặng Đại Hội để dâng Thánh Lễ kỷ niệm 200 năm Đức Mẹ Lavang hiện ra.
Thánh Lễ chiều ngày 14.8.1999 được bắt đầu vào lúc 6 giờ, do Đức Tổng Giám Mục Nguyễn như Thể chủ tế, cùng với 14 Giám Mục và khoảng 350 Linh mục đồng tế. Trước khi Thánh lễ bắt đầu, Đức Hồng Y đặc sứ trao dây Palliumcho Đức Tổng Giám Mục, như dấu hiệu hiệp thông quyền quản trị Tổng Giáo Phận Huế. Sau khi nhận dây Pallium, Đức Tổng Giám Mục long trọng đọc lời tuyên thệ và Thánh lễ được bắt đầu.
Đêm 14.8.1999 là đêm canh thức còn gọi là đêm “diễn nguyện” do gần 100 em Đệ Tử Dòng Thánh Phaolô phụ trách gồm 3 màn: Dâng hoa, diễn lại sự tích Đức mẹ hiện ra tại Lavang và suy ngắm 5 sự mừng.
Ngày thứ ba của tuần Tam Nhật đại lễ (15.8.1999): Là ngày cao điểm nhất của tuần Tam Nhật Đại Lễ. Suốt đêm nhiều người canh thức bên nhà chẩu. Nhiều nhóm khác đọc kinh, lần hát, ca hát kính Đức Mẹ cho tới sáng. Chuông báo thức lúc 5 giờ sáng và loa phóng thanh kêu gọi khách hành hương tham gia cuộc cung nghinh Đức Mẹ La Vang. Cuộc cung nghinh được bắt đầu từ 5 giờ 30 sáng để tránh cái nắng gay gắt sắp tới. Cuộc rước kiệu đặt dưới quyền chủ toạ của Đức Hồng y Đặc Sứ với 14 Giám mục, 350 Linh mục và 200.000 giáo dân đi theo kiệu sơn son thiếp vàng, chạm trổ công phu do Giáo dân Phát diệm dâng cúng. Cuộc rước tiến hành trong trang nghiêm, sốt sáng, trật tự đến độ hoàn hảo và kết thúc vào lúc 7 giờ bằng một bài thánh vũ của ba giòng sông tượng trưng cho ba miền con dân đất Việt trên nền nhlac “Như sóng lộc triều nguyên”.
Tiếp đến là Thánh lễ bế mạc vào lúc 9 giờ sáng, đủ thời gian cho khách hành hương từ các tỉnh lân cận đổ về, đủ để Ban tổ chức tiếp đón các phái đoàn tới dự. Trời nắng đã lên cao khiến giáo dân tham dự phải hy sinh nhiều trong lúc hiệp thông dâng lễ. Bài đọc 2 được đọc bằng tiếng thổ âm Tây Nguyên từ Giáo Phận Kontum trở về. Phái đòng Tây Nguyên đã dâng lên Đức Mẹ và thông hiệp với Cộng Đoàn dân Chúa những tiếng cồng, tiếng chiêng mê hồn, những trang phục lạ mắt, những lời ca tiếng hát, điệu vũ… suốt thời gian đại lễ. Thánh Lễ bế mạc chấm dứt vào lúc 11 giờ ngày 15 tháng 8, 1999. Đức Giám Mục Nguyễn Sơn Lâm, Giám Mục Giáo phận Thanh Hóa thay mặt cộng đoàn hành hương cám ơn các giới. Ngài đã ưng khẩu phát biểu đôi lời cảm tưởng thật chân thành, chính xác: “Hội Thánh Mẫu năm nay thành công rực rỡ là nhờ mọi cánh tay con cái Mẹ cộng tác. Nhờ sự nỗ lực làm việc của Giáo Phận Huế. Quí vị có thể đem tinh thần Đại Hội về giáo phận mình, đem đức tin, chấp nhận mọi gian khổ trong hiền hòa và chịu đựng để sám hối, chuẩn bị tiến về năm 2000, mừng thiên kỷ cứu độ”.